Состав «Преображения» разбит на секции, каждая из которых осуществляет свою деятельность в определённом аспекте. Правлением «Преображения» принято разделение на следующие секции: 1. Секцию духовного просвещения (вопросы духовного образования, миссионерская деятельность). 2. Секцию социального служения (осуществление разнообразной социальной работы). 3. Секцию паломничества и туризма (организация походов и паломнических поездок). Работа каждой секции проводится относительно автономно от остальных секций. В каждой такой группе назначен ответственный за работу секции, который предоставляет в Правление МПЦ «Преображение» планы работы секции и отчёты по выполненной работе. Работа таких секций повышает интенсивность активности «Преображения» за счёт дифференциации деятельности ПМЦ.